Esto ahora es posible en la versión más reciente del controlador C# mongo (desde 2.4.0).
Por ejemplo, para consultar un índice que no distingue entre mayúsculas y minúsculas:
IMongoCollection<SomeObject> someCollection;
var results = someCollection.Find<SomeObject>(x => x.name == someName,
new FindOptions() { Collation = new Collation("en", strength: CollationStrength.Secondary) } )
Tenga en cuenta que para disfrutar del poder del índice, debe especificar en la consulta exactamente el mismo parámetro de intercalación que se especificó al crear el índice.