Cuando desee que OPERATION_ID sea único para todos los inquilinos, puede hacerlo así:
db.tenants.ensureIndex( { operation.OPERATION_ID : 1 }, { unique:true, sparse:true } );
Cuando desee que los ID_OPERACIÓN sean únicos por arrendatario, de modo que dos arrendatarios puedan tener ambos el ID_operación:100 pero ningún arrendatario pueda tener el ID_operación:100 dos veces, debe agregar el _id del arrendatario al índice para que cualquier combinación dada de _id y operation_id es único.
db.tenants.ensureIndex( { _id: 1, operation.OPERATION_ID : 1 }, { unique:true, sparse:true } );