Almacenar valores de enumeración en MongoDB como cadenas está perfectamente bien, y sí, si indexa el campo, espero que el rendimiento sea comparable a las consultas de enteros indexadas. Ciertamente es más expresivo que usar números enteros.
El único inconveniente real es que ocuparán más espacio si sus cadenas de enumeración son algo largas, pero eso es una preocupación bastante trivial.
