Después de Mongo 2.6
puede hacer actualizaciones masivas/upserts. El siguiente ejemplo hace una actualización masiva usando c#
conductor.
MongoCollection<foo> collection = database.GetCollection<foo>(collectionName);
var bulk = collection.InitializeUnorderedBulkOperation();
foreach (FooDoc fooDoc in fooDocsList)
{
var update = new UpdateDocument { {fooDoc.ToBsonDocument() } };
bulk.Find(Query.EQ("_id", fooDoc.Id)).Upsert().UpdateOne(update);
}
BulkWriteResult bwr = bulk.Execute();