Esto se debe a uno de los siguientes motivos, como se menciona en la documentación.
En un clúster fragmentado, db.collection.count() puede generar un recuento inexacto si existen documentos huérfanos o si hay una migración de fragmentos en curso.
Para evitar estas situaciones, en un clúster fragmentado, use la etapa $group de db.collection.aggregate() método para $sumar los documentos. Por ejemplo, la siguiente operación cuenta los documentos de una colección:
Puede usar el aggregate método para hacer esto como se sugiere en la documentación.
Scan.aggregate(
{'$group': {
'_id': None,
'count': {'$sum': 1}
}}
)
