mongodb agrega contador a cada documento recuperado

Aunque la respuesta mencionada por @prasad_ parece funcionar, $unwind tiene desde Mongodb 3.2 la opción includeArrayIndex que hace que sea más fácil de lograr:

db.collection.aggregate([
  {
    $group: {
      _id: null,
      data: {
        $push: "$$ROOT"
      }
    }
  },
  {
    $unwind: {
      path: "$data",
      includeArrayIndex: "counter",

    }
  },
  {
    $replaceRoot: {
      newRoot: {
        $mergeObjects: [
          "$data",
          {
            counter: {
              $add: [
                "$counter",
                1
              ]
            }
          }
        ]
      }
    }
  }
])

La última etapa está aquí solo para remodelar sus documentos y agregar 1 a cada contador, ya que está basado en 0 (basado en el índice de matriz)

Puedes probarlo aquí.