¿Cómo puedo extraer subdocumentos de una matriz?

Es en una situación como esta que usas el $ posicional Operador de actualización. Una cosa a tener en cuenta es que el campo de matriz debe aparecer como parte del documento de consulta. Eso es lo que explica el uso de $exists aquí.

db.collection.update(
    { "id": "8888",  "aloh.saludo": { "$exists": true } }, 
    { "$pull": { "aloh.$.saludo": { "qwe": "rty", "sad": "fet" } } }
)