MongoDB 3.2 (lanzado en noviembre de 2015) ofrece un motor de almacenamiento cifrado. No es necesario utilizar API de terceros para cifrar sus datos antes de insertarlos o cifrar todo el disco. Puedes encontrar más detalles aquí. Sin embargo, tenga en cuenta que solo se ofrece para la edición Enterprise.
Funciona con el motor de almacenamiento WiredTiger, que se ha incluido como alternativa al motor de almacenamiento predeterminado MMAPv1 desde 3.0. Si su base de datos todavía usa MMAPv1, lea esta guía para conocer los pasos para convertir una base de datos de MMAPv1 a WiredTiger.
Como señaló Fernando Paz en los comentarios, el almacenamiento cifrado solo está disponible en la edición MongoDB Enterprise.
