Respuesta corta:sí.
Los índices están cayendo en la caída de la colección. Necesita volver a crear un índice.
Es posible que desee no descartar la colección sino eliminar todos los elementos con db.collection_name.remove({}) . Tomará más recursos pero deja tus índices. En realidad, deberá eliminar todos los datos del índice. Es por eso que se prefiere descartar toda la colección y volver a crear índices después de eso.
