Builders
es una clase realmente flexible, también tiene operadores anulados "& =Y" y "| =O"
Tu ejemplo será
var filter = Builders<User>.Filter.Eq(x => x.A, "1");
filter &= (Builders<User>.Filter.Eq(x => x.B, "4") | Builders<User>.Filter.Eq(x => x.B, "5"));