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¿Puede una colección MongoDB tener dentro otra colección?

No puede almacenar colecciones en colecciones. Pero puede almacenar identificadores que hagan referencia a objetos en otras colecciones. Tendría que resolver la identificación del documento o elemento y luego, si ese elemento almacena más identificaciones, deberá resolverlas una y otra vez. Los documentos están destinados a ser ricos y duplicar datos, pero en los documentos explican que, en lugar de incrustarlos, solo puede usar identificaciones