¿Por qué los nuevos documentos en mongo tienen un objeto y no un ObjectId?

Eso es qué es un ObjectID. Es simplemente un objeto que contiene esas propiedades.

http://docs.mongodb.org/manual/reference/object-id/

{
    "_bsontype" : "ObjectID",
    "id" : "U\u0013[-Ф~\u001d$©t",
    "generationTime" : 1.43439e+09
}

U\u0013[-Ф~\u001d$©t es el binario de 12 caracteres cadena que se convierte en la familiar cadena hexadecimal de 24 caracteres (55107edd8e21f20000fd79a6 ) cuando el objeto como un todo se representa como un valor de texto (es decir, su .toString se invoca la función)

En Mongoose, los documentos también tienen un .id captador que le da el hexadecimal de 24 caracteres como un valor de cadena.