MongoDB c# driver - ¿Puede un campo llamado Id no ser Id?

La respuesta a tu pregunta es "sí, pero...".

Es es es posible tener un miembro llamado Id que no asignado al elemento _id. Por ejemplo:

public class X {
    [BsonId]
    public ObjectId MyId;
}

public class Y : X {
    public string Id;
}

Sin embargo, en una jerarquía de clases, el miembro _id debe estar en la raíz de la jerarquía (en otras palabras, todos los miembros de la jerarquía deben estar de acuerdo en usar el mismo _id).