También puede usar objetos para el campo _id. El campo _id siempre es único. De esa manera obtienes una clave primaria compuesta:
{ _id : { a : 1, b: 1} }
Solo tenga cuidado al crear estas identificaciones que importa el orden de las claves (a y b en el ejemplo), si las intercambia, se considera un objeto diferente.
La otra posibilidad es dejar _id solo y crear un índice compuesto único.
db.things.ensureIndex({firstname: 1, lastname: 1}, {unique: true});
//Deprecated since version 3.0.0, is now an alias for db.things.createIndex()
https://docs.mongodb.org/v3.0/reference/method/db.collection.ensureIndex/
