P1:si actualiza con el enlace permanente 'jaiho' en lugar de 'jaja', seguramente actualizará el correo electrónico;
> db.posts.update({"permalink" : "jaiho"},{$set:{"comments.0.email":1}})
> db.posts.find()
..., "email" : 1 },...
P2:Lo mismo ocurre con este include;
> db.posts.update({"permalink" : "jaiho"},{$inc:{"comments.0.num_likes":1}})
> db.posts.find()
..., "num_likes" : 1 },...