Afortunadamente mongodump 3.0 está aceptando opciones para omitir ciertas colecciones.
Esto resolvió mi problema de no tener acceso de administrador a la base de datos para modificar los permisos. Tenga en cuenta que ya no creará copias de seguridad completas.
mongodump --excludeCollection=system.indexes
o
mongodump --excludeCollectionsWithPrefix=system
