En su ejemplo, en realidad está utilizando DocumentDB con compatibilidad con MongoDB. No está utilizando MongoDB nativo (ni es este MongoDB nativo como servicio).
DocumentDB (incluso con compatibilidad con MongoDB) no proporciona un registro de operaciones. Y dado que Meteor depende de la lectura del registro de operaciones, no podrá señalar Meteor en DocumentDB.
En su caso, deberá ejecutar MongoDB nativo por su cuenta (por ejemplo, en máquinas virtuales) o aprovechar una solución de alojamiento de MongoDB de terceros que brinde soporte para MongoDB dentro de la misma región que su aplicación. (ok, sí, puede ejecutar su aplicación en una región diferente, pero verá la latencia junto con los cargos por salida de datos).
