Puede crear el índice con el shell mongo, pero si desea hacerlo a través del código y dado que está utilizando spring-data-mongodb, use esto:
mongoTemplate.indexOps(B.class).ensureIndex(new Index().on("a", Order.ASCENDING));
También puedes especificar el nombre de la colección si el nombre de tu clase no coincide:
mongoTemplate.indexOps("b").ensureIndex(new Index().on("a", Order.ASCENDING));