require('./config/passport')(passport);
Cambia la ruta del archivo. Sin este funcionamiento, las configuraciones del pasaporte no se pasarán a las rutas.
Aquí hay un fragmento de dónde debe ubicarse la línea:
// server.js
// configuration
===============================================================
mongoose.connect(configDB.url); // connect to our database
require('./config/passport')(passport); // pass passport for configuration
