Crear un árbol JSON en Node.Js desde MongoDB

Digamos que tiene que seguir los datos (ya cargados desde db):

var data = [
  { _id: "MongoDB", children: [] },
  { _id: "Postgres", children: [] },
  { _id: "Databases", children: [ "MongoDB", "Postgres" ] },
  { _id: "Languages", children: [] },
  { _id: "Programming", children: [ "Databases", "Languages" ] },
  { _id: "Books", children: [ "Programming" ] }
];

Desde _id es único, luego, en el primer paso, lo convierte en diccionario, donde las claves son ID:

var dct = {};
for (var i = 0; i < data.length; i++) {
    var doc = data[i];
    dct[doc._id] = doc;
}

Ahora recorres data array una vez más y establecer hijos:

for (var i = 0; i < data.length; i++) {
    var doc = data[i];
    var children = doc.children;
    var ref_children = [];
    for (var j = 0; j < children.length; j++) {
        var child = dct[children[j]]; // <-- here's where you need the dictionary
        ref_children.push(child);
    }
    doc.children = ref_children;
}

Y listo, ya terminaste:

JSON.stringify(data);

EDITAR

Si solo desea raíces (nodos que no son hijos de ningún otro nodo), primero debe encontrarlos:

var get_parent = function(node, docs) {
    for (var i = 0; i < docs.length; i++) {
        var doc = docs[i];
        if (doc.children.indexOf(node) != -1) {
            return doc;
        }
    }
    return null;
};

var roots = [];
for (var i = 0; i < docs.length; i++) {
    var doc = data[i];
    if (get_parent(doc, docs) === null) {
        roots.push(doc);
    }
}
JSON.stringify(roots);

Una forma más eficiente sería almacenar a los padres al desreferenciar a los niños (comparar con el código anterior EDIT):

for (var i = 0; i < data.length; i++) {
    var doc = data[i];
    var children = doc.children;
    var ref_children = [];
    for (var j = 0; j < children.length; j++) {
        var child = dct[children[j]]; // <-- here's where you need the dictionary
        child.has_parent = true; // <-- has a parent
        ref_children.push(child);
    }
    doc.children = ref_children;
}

var roots = [];
for (var i = 0; i < data.length; i++) {
    var doc = data[i];
    if (!doc.has_parent) {
        roots.push(doc);
    }
}
JSON.stringify(roots);