Mangosta, extraer del subdocumento

Parece que MongooseArray#pull El método solo funciona si sus elementos tienen _id propiedades.

Me resulta más fácil usar llamadas directas para update para evitar este tipo de sorpresas:

mongoose.model('organization').update(
    {_id: user.organization},
    {$pull: {members: {user: user._id}}},
    function(err, numAffected) { ... }
);