Si no me equivoco, la configuración de Meteor se usa solo para la implementación.
Para usar otro MongoDB que no sea el local en Windows durante el desarrollo, puede crear un archivo por lotes (*.bat) que contenga los siguientes comandos en la carpeta de su aplicación Meteor:
SET MONGO_URL=mongodb://localhost:27017/name_of_the_db
meteor
(Teniendo en cuenta que su servidor MongoDB está escuchando en localhost:27017, que son las configuraciones predeterminadas)