Obtenga fechas ISO distintas por días, meses, año

Debe agrupar su documento después de la proyección y usar $addToSet operador acumulador

db.mycollection.aggregate([
    { "$project": { 
         "year": { "$year": "$date" }, 
         "month": { "$month": "$date" } 
    }},
    { "$group": { 
        "_id": null, 
        "distinctDate": { "$addToSet": { "year": "$year", "month": "$month" }}
    }}
])