Finalmente encontré la solución aquí. Esperemos que pueda ayudar a alguien más.
Por supuesto, cuando todo lo demás falla, lea los documentos...
También es válido un OrderedDict
query = [('collMod', 'contacts'),
('validator', {'phone': {'$type': 'string'}}),
('validationLevel', 'moderate')]
query = OrderedDict(query)
db.command(query)
{'ok': 1.0}
EDITAR:
Documentación actual de donde proviene lo anterior. Tenga en cuenta que esto se agregó después de que la pregunta se respondió originalmente, por lo que la documentación ha cambiado, sin embargo, aún debería ser relevante
