El sitio web de mongodb tiene documentación sobre qué hacer (solo en caso de emergencia) cuando necesite reconfigurar un conjunto de réplicas cuando los miembros están inactivos . Esto suena como la situación en la que te encuentras.
Básicamente, si está en la versión>=2.0 y es una emergencia, puede agregar force: true al comando de configuración del conjunto de réplicas.
