Me encontré con esto también. Resulta que puede deberse a dos cosas.
1. If the node you are adding already has its own dbData.
2. If you ran rs.initiate() on both nodes. It is only supposed to be run on the primary.
Para resolver esto, deberá verificar /etc/mongod.conf para el atributo "dbPath" y mover o eliminar todos los archivos en esa carpeta.
