Debe modificar su código angular para enviar la información adicional en los datos de la solicitud
Upload.upload({
url: 'http://localhost:3000/upload', //webAPI exposed to upload the file
data:{file:file, name:vm.name, email:vm.email} //pass file as data, should be user ng-model
})
Luego, en su código de back-end, puede hacer referencia a esto en el cuerpo de la solicitud
req.body.name
req.body.email