Por tu tipo:
db.companies.find({exchange: 'OTC'})
Es de tipo natural, y dado que su actualización probablemente no esté en su lugar para esos 1,100, está causando que algunos documentos se muevan al final de las listas vinculadas internas de MongoDB, que es el orden de clasificación predeterminado; como tal, está recibiendo documentos duplicados.
Ordene su consulta con algo como _id o lo que sea, simplemente algo.
