No hay ninguna problemas, puede ver que el índice está ahí. ¿Esperas que no permita elementos duplicados? Para eso, debe establecer el indicador único en verdadero:
db.users.ensureIndex({ name : 1},{unique: true});
ACTUALIZAR:ejecutar asegurar una vez más con {unique: true}
no funciona, tienes que soltar y ensureIndex
de nuevo:
db.users.dropIndex({name:1})
db.users.ensureIndex({ name : 1}, {unique:true, dropDups : true});