¿Cómo recuperar todos los elementos coincidentes presentes dentro de la matriz en Mongo DB?

Como dijo JohnnyHK, la respuesta en MongoDB:seleccionar elementos coincidentes de subcolección lo explica bien.

En su caso, el agregado se vería así:

(nota:la primera coincidencia no es estrictamente necesaria, pero ayuda con respecto al rendimiento (puede usar el índice) y el uso de la memoria ($relajarse en un conjunto limitado)

> db.xx.aggregate([
...      // find the relevant documents in the collection
...      // uses index, if defined on documents.x
...      { $match: { documents: { $elemMatch: { "x": 1 } } } }, 
...      // flatten array documennts
...      { $unwind : "$documents" },
...      // match for elements, "documents" is no longer an array
...      { $match: { "documents.x" : 1 } },
...      // re-create documents array
...      { $group : { _id : "$_id", documents : { $addToSet : "$documents" } }}
... ]);
{
    "result" : [
        {
            "_id" : ObjectId("515e2e6657a0887a97cc8d1a"),
            "documents" : [
                {
                    "x" : 1,
                    "y" : 3
                },
                {
                    "x" : 1,
                    "y" : 2
                }
            ]
        }
    ],
    "ok" : 1
}

Para obtener más información acerca de added(), consulte http://docs.mongodb.org/manual /aplicaciones/agregación/