No estoy familiarizado con MongoDB específicamente. En general, abrir una conexión a una base de datos es una operación relativamente lenta y ocupa los recursos del sistema. Si esto es suficiente para importar en su caso, no puedo decirlo.
Tener una base de datos diferente para cada usuario dificultaría la realización de consultas que accedan a los datos de varios usuarios. Tal vez no tengas necesidad de hacer esto.
Aún así, creo que sería mucho más simple en general simplemente poner una identificación de usuario en cada registro en lugar de crear una base de datos separada. ¿Cuál es la ganancia de bases de datos separadas? De acuerdo, eliminar un usuario significa decir "eliminar base de datos". Pero eliminar un usuario de una sola base de datos debería significar decir "eliminar de tableX where user=?; delete from tableY where user=?" etc. para la cantidad de tablas relevantes que tenga. No puedo imaginar que sean cientos, ¿verdad? ¿Tal vez media docena de líneas de código más o menos?
