¿Puedo leer un archivo csv dentro de un archivo Mongo Shell Javascript?

Una mejor opción sería usar el método de shell nativo cat() .

Digamos que su archivo tiene el siguiente contenido y está ubicado en /home/desktop/myfile.txt

row1
row2
row3
row4

El siguiente código le permitirá obtener el contenido del archivo como una matriz en cadena variable:

$> var string = cat('home/desktop/myfile.txt');
$> string = string.split('\n');
$> db.records.find({field: {$in: string}});