Esta pregunta puede ser antigua, pero estaba experimentando el mismo problema y encontré otra solución que podría funcionar para otros.
Agregando ?authSource=admin hasta el final de tu MONGO_URI La variable autenticará sus credenciales en la base de datos de administración, en lugar de en la base de datos a la que se está conectando.
Ejemplo:app.config["MONGO_URI"] = "mongodb://username:[email protected]:port/db_name?authSource=admin"
