Iterar sobre el cursor Mongodb desde el agregado

Prueba esto:

var cursor = User.aggregate([
    { $match: { _id: { $nin: req.decoded.username.connections } } },
    { $sample: { size: 10 } },
]).cursor().exec();

cursor.each(function(err, doc) {
    //do something with doc
});

Mongoose maneja un objeto agregado al cursor de manera diferente a Mongodb-native como lo publicó en su enlace. Más información aquí:documentación del cursor agregado de mongoose