¿Importa el orden de las claves en un documento MongoDB BSON?

El orden de las propiedades de un documento no afecta la indexación.

Puede verlo usted mismo ejecutando esta consulta:

db.people.find({LName: "abc"}).explain()

y luego esta consulta:

db.people.find({LName: "jkl"}).explain()

debería ver que MongoDB usará el índice en ambos casos (el cursor la propiedad debería ser algo así como "BtreeCursor LName_1_FName_1" ).