Mismo problema con los permisos de WiredTiger.turtle. Ubuntu 18.04 Mi problema fue que inicié un servicio mongod con sudo. Esto creó archivos con propiedad raíz:raíz en el directorio de mi base de datos. Al iniciar el servicio mongod sin sudo, recibí el error de permiso denegado.
La solución fue cambiar la propiedad de todos los archivos en el directorio db a mongodb:mongodb
$ sudo chown -R mongodb:mongodb /var/lib/mongodb/*
