MongoDB:elimina los caracteres no numéricos en el campo

Tendrás que iterar sobre todos tus documentos en código y usar un reemplazo de expresiones regulares para limpiar las cadenas.

Así es como lo harías en el shell mongo para una test colección con un phone campo que necesita ser limpiado.

db.test.find().forEach(function(doc) {
  doc.phone = doc.phone.replace(/[^0-9]/g, ''); 
  db.test.save(doc);
});