MongoDB:¿cómo devuelvo documentos con como ?

Puede lograr esto con el marco de agregación usando un $group para agrupar documentos por device_id , seguido de arrayToObject para obtener un valor como clave:

la consulta se ve así:

db.collection.aggregate([{
  "$group": {
    "_id": "$device_id",
    "dt": {
      "$push": "$date"
    }
  }
}, {
  "$replaceRoot": {
    "newRoot": {
      "$arrayToObject": {
        "$concatArrays": [
          [{
            "k": "$_id",
            "v": "$dt"
          }]
        ]
      }
    }
  }
}])

resultados:

[
  {
    "D4YK2-R2D20-KYPI9": [
      "2018-04-01T00:00:00.000Z"
    ]
  },
  {
    "ML39A-341D4-UI041": [
      "2018-03-28T00:00:00.000Z",
      "2018-03-29T00:00:00.000Z"
    ]
  }
]

puedes probarlo aquí:mongoplayground.net/p/t9AjMA0nXCn