No tienes que preocuparte por el tamaño. Incluso si el tamaño del fragmento es de 256 kb, un documento (que contiene su correo electrónico) de 50 kb, seguirá usando 50 kb (+ gastos generales menores).
El tamaño de fragmento se configura en el controlador. Por ejemplo, con el controlador PHP harías:
$gridFs->storeFile( 'filename.txt', array( 'chunkSize' => 50 * 1024 ) );
Y en el controlador de Java llamarías a establecer tamaño de fragmento en GridFSInputFile .
Pero, en general, no debería tener que preocuparse por el tamaño del fragmento.