mongo cuenta filas de una matriz de datos proporcionados

Si entendí correctamente, estás tan cerca, revisa esta consulta:

• Usar primero $match para obtener solo documentos cuyo subLevel.id es 1 o 2.
• Entonces, como lo ha hecho, $group por el id y suma para obtener el recuento total:

db.collection.aggregate([
  {
    "$match": { "subLevel.id": { "$in": [ 1, 2 ] } }
  },
  {
    "$group": { "_id": "$subLevel.id", "count": { "$sum": 1 } }
  }
])

Ejemplo aquí