Mongo. Consultar documentos con una matriz cuyos hijos TODOS tienen que coincidir con una consulta

Puede usar $map para aplicar su condición para cada shipment y luego use $allElementsTrue dentro de $expr para verificar si todos esos elementos coinciden:

db.shop_orders.aggregate([
    {
        $match: { shipments: { $exists: true, $ne: [] } }
    },
    {
        $match: {
            $expr: {
                $allElementsTrue: {
                    $map: {
                        input: "$shipments",
                        as: "shipment",
                        in: {
                            $and: [
                                { $eq: [ "$$shipment.status", "Delivered" ] },
                                { $lte: [ "$$shipment.deliveredAt", new Date("2018-07-28") ] }
                            ]
                        }
                    }
                } 
            }
        }
    }
])