Cómo proyectar/filtrar claves incrustadas aplicando expresiones regulares en la clave

no puedes usar expresiones regulares en la proyección. Debe especificar explícitamente la projection argumento del .find() método

db.collection.find({}, 
    { 
        "data.2007.actual": 1, 
        "data.2007.upper_end_of_range": 1, 
        "data.2008.actual": 1, 
        "data.2008.upper_end_of_range": 1, 
        "table_name": 1 
    }
)