Desarrollador de Bitnami aquí.
Debe copiar sus archivos en el repositorio remoto, crear los archivos de configuración y luego debe incluir esa configuración en la configuración de Apache para servir la aplicación. Parece que ha hecho la mayor parte del trabajo, pero puede haber un error en uno de los pasos. Esta guía le ayudará a configurar su aplicación para poder acceder a ella correctamente.
https://wiki.bitnami.com/Applications/Bitnami_Custom_Node.js_Application
Espero que ayude.
Jota
