Cambiar entre JPA y Mongo en la aplicación Spring Boot MVC

Tienes razón, quieres usar perfiles.

@Bean( name = "customerRepository" )
@Profile( "jpa")
CrudRepository getCustomerRepository()
{
    return _customerRepository;
}

@Bean( name = "customerRepository" )
@Profile( "mongo")
MongoRepository getCustomerRepositoryMongo()
{
    return _customerRepositoryMongo;
}

@Autowired
@Qualifier("customerRepository")
CrudRepository _crudRepository;

En application.properties, ahora puede configurar spring.profiles.active a jpa o mongo para cambiar entre bases de datos.