TypeError:no se puede usar el operador 'in' para buscar '_id' en [{}]

es porque su req.body contiene la dirección:'{}' que es una cadena, no una matriz y no un objeto si escribe

 var body={ name: 'santhu', address: []}; //and not { name: 'santhu', address: '{}'}
 var employee = new Employee(body);

funcionará bien