buscar con condición en mangosta

Puede usar $ buscar con canalización a partir de MongoDB v3.6 ,

• let para pasar localField _id como model_id variable, puede usar el campo dentro de la canalización de búsqueda usando la referencia $$,
• tubería para poner $match etapa y haga coincidir sus condiciones requeridas y user_id condición

  {
    $lookup: {
      from: "bookmarks",
      let: { model_id: "$_id" },
      pipeline: [
        {
          $match: {
            $expr: { $eq: ["$$model_id", "$model_id"] },
            user_id: objectId(req.user._id)
          }
        }
      ],
      as: "bookmarks"
    }
  }

Otra opción para MongoDB v3.4 ,

• $filter para iterar el bucle de bookmarks y obtenga marcadores filtrados en función de la condición

  {
    $lookup: {
      from: "bookmarks",
      localField: "_id",
      foreignField: "model_id",
      as: "bookmarks"
    }
  },
  {
    $addFields: {
      bookmarks: {
        $filter: {
          input: "$bookmarks",
          cond: { $eq: ["$$this.user_id", objectId(req.user._id)] }
        }
      }
    }
  }