Si tiene acceso al servidor, entonces una forma de tener una idea sobre las consultas que no usan índices es mirar el archivo de registro de mongodb.
Grep "COLLSCAN" de los registros y te haces una idea. Si se utilizan índices, el plan de consulta muestra "IXSCAN". Si tiene que escanear la colección, muestra "COLLSCAN". He encontrado algunas consultas lentas de esta manera. Otro síntoma de las consultas que no utilizan los índices correctamente es la alta carga constante de la CPU en el servidor de la base de datos.
