Actualizar matriz Mongo:eliminar clave dinámica

Estás buscando $unset :

collection.update(
    {"_id": ObjectId("53ccff9bbb25567911f208a8")},
    {"$unset": {"tags.53ccff9bbb25567911f208a6": ""}}
)

Esto eliminará el "53ccff9bbb25567911f208a6": "tag3" entrada de tags .

Más información en http://docs.mongodb.org /manual/referencia/operador/update/unset/#up._S_unset