¿Se siguen admitiendo las restricciones de unicidad a nivel de campo en Mongo(ose)?

Sí, los índices únicos aún son compatibles con Mongoose; consulte aquí y aquí en los documentos actuales.

Ejemplos de los documentos vinculados:

var s = new Schema({ date: { type: Date, index: { unique: true, expires: '1d' }});
var s = new Schema({ name: { type: String, unique: true }});

Schema.path('my.path').index({ unique: true, sparse: true });
Schema.path('name').index({ unique: true });