Me inclinaría por apegarme a la filosofía mongo y hacer entradas individuales para cada conjunto/pieza de información distinta, en lugar de depender de referencias dentro de un objeto compuesto extraño.
60 millones de registros es "mucho" (pero en realidad no es "una tonelada"), y a mongodb le encanta que le arrojen un montón de pequeñas cosas. Por otro lado, terminaría con menos objetos grandes y ocuparía el mismo espacio.
(*Usar el extremo posterior del tigre con cable con compresión hará que su disco también llegue más lejos).
** editar:también agregaría que realmente realmente realmente quieres índices al final del día, así que ese es otro voto para este enfoque.
